质粒DNA(pDNA), 又称基因疫苗，或者核酸疫苗，是指将编码某种抗原的外源基因与质粒载体重组，构建出真核表达载体，通过肌肉注射等途径直接导入动物细胞，能利用宿主细胞的蛋白质合成系统合成外源抗原蛋白，并诱导宿主细胞产生对该抗原的体液和细胞免疫应用，以达到预防和治疗疾病的目的。DNA 疫苗比病毒类疫苗安全，但是因为药物使用量大，一般100 ug-1 mg，因此对药物的质量是要求很很高。
一、超螺旋DNA 的制备步骤如下
用于基因治疗，质粒DNA 必须为超螺旋结构并且不含细菌染色体DNA，RNA，蛋白质和内毒素。另外，纯化所用介质和工艺应便于顺利并节省成本地转化成大规模生产。由于绝大多数质粒DNA 生产所选用的宿主菌是大肠杆菌，纯化的实际问题就是去除其它核酸，内毒素和痕量污染物。
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第一步：高盐下，RNA 会积聚，与质粒DNA 的分子量上的差别更加显著，利用分子筛进行组份分离。同时去除残余的染色体DNA，这步是分子筛的组分分离，上样量达到30%CV，而且流速较快。
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第二步：PlasmidSelect Xtra 亲和介质，利用了嗜硫亲和与疏水作用原理，能特异性将开环的质粒(ocDNA) 和超螺旋的质粒(scDNA) 分开，并且载量可以达到2 mg/ml 介质。从而超螺旋DNA 的纯度提高到95% 以上。
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第三步：超螺旋DNA 的精细纯化，source 30Q 去除残余的RNA 和内毒素，同时浓缩样品
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HPLC 检测质粒纯度，使用Mini Q 用于质粒DNA 的纯度检测。
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