使用iDISCO+方法对小鼠肾脏进行透明化处理，并使用蔡司Lightsheet 7成像物镜5× / 0.16 foc和Clr 20× / 1.0 nd = 1.53（浸入）在肉桂酸乙酯中进行成像。使用DyLight 594耦合番茄凝集素灌注小鼠，从而标记血管和肾小球（红色）。绿色：组织结构的自发荧光。三维全器官成像和肾小球尺寸和数量的图像分析，有助于更好地了解各种肾脏疾病的机制，例如糖尿病性肾病。该图像在ACQUIFER HIVE上使用arivis Vision4D®处理。

        样品由丹麦Gubra公司的U. Roostalu提供。

P10小鼠气管的三维数据集显示了力敏感神经纤维的解剖结构。染色：DAPI,IV型胶原蛋白（Alexa 488 抗体），感官纤维（表达tdTomato的报告菌株，Alexa 555抗体），神经纤丝蛋白NF200（有髓鞘的神经纤维，Alexa 647抗体）。

用PEGASOS（Jing et al:, 2018, Cell Research）对样品进行透明化处理，在折射率为1.54的BB-PEG中，分别使用成像物镜5× / 0.16 foc和Cl r 20× / 1.0 nd = 1.53进行成像。5x物镜数据集：像素尺寸0.61 × 0.61 × 1.63微米，3×3拼图，放大1.5倍，1230个z截面，体积2.57 × 2.58 × 2 mm。20x物镜数据集：像素尺寸0.23 × 0.23 × 0.58微米，1×5拼图，放大1.0倍，4206个z截面，体积2.0 × 0.45 × 1.82 mm。

蝾螈目动物具有奇异的四肢和脊髓再生能力。借助分子遗传学工具，可以识别促成这种复杂再生的干细胞，以及激发细胞增殖的创伤应激信号。此蝾螈的前臂已在肉桂酸乙酯中进行了透明化处理（Masselink, W. et al. Development 146, (2019)），并使用成像物镜5× / 0.16 foc以1.57的折射率进行成像。使用ZEN成像软件和arivis Vision4D®软件在ACQUIFER HIVE数据平台上对多拼图数据集进行校准、融合和渲染。

样品由分子病理学研究院(IMP)田中实验室的W. Masselink提供。

图片由奥地利维也纳IMP BioOptics公司的P. Pasierbek和K. Aumayr提供。

样品由奥地利维也纳分子生物技术研究所的. Reumann和J. Knoblich提供。

人脑中的神经元非常精密复杂，而且它们遍布于整个脑器官中，因此对人脑中的所有细胞进行成像是一项几乎不可能完成的任务。类器官可以在一定程度上再现人脑，包括从神经元干细胞培养中产生神经元。借助于ECi进行透明化处理，可以从局部到整体研究神经元形态学，为三维神经元形态的研究开创了极具吸引力的可能性。

35日龄的神经元类器官，使用GFP/ tdtomato（3% GFP和3% tdtomato）稀疏标记，并使用Clr 20× / 1.0 nd = 1.53物镜成像。

像素尺寸：222 × 222 × 567 nm。

图像体积：1.66 × 0.66 × 1.6 mm。

对完整的淋巴器官进行三维成像，可以分析并量化淋巴对病毒感染的免疫反应。在采集之前，将T细胞转移至野生型宿主小鼠体内。使用Ce3D（Li et al. PNAS 163, 2017）对淋巴结进行清洁、固定和透明化处理，然后使用5× / 0.16成像物镜（体积2.5 × 2.5 × 1.6 mm）在1.49的折射率(ph 7)对其进行成像。图像显示GFP标记的初始CD8+ T细胞（黄色），B细胞滤泡用B220（青色）染色，血管网络用CD31（洋红色）染色。

样品由澳大利亚亚帕克维尔区沃尔特及伊莱萨霍尔医学研究院的Joanna Groom提供。

使用PBS和4% PFA灌注一只C57 BL6J小鼠。脑部通过灌注Cell-Tracker™ CM-DiI染料进行染色，这是一种用于标记血管膜的脂类染料。使用iDISCO+方法对样品进行透明化处理，并以肉桂酸乙酯作为最终的折射率匹配溶液进行平衡。然后，使用Fluar 2.5× / 0.12成像物镜在Translucence介观尺度成像仓中，以RI=1.565的肉桂酸乙酯中进行成像。

右侧插入的高分辨率图像使用Clr Plan-Neofluar 20× / 1.0 Corr nd = 1.53采集。Image 图像体积为13.1 × 13.1 × 6 mm，像素分辨率为1.83 × 1.83 × 6.77 μm。在大约40分钟内以4×4拼图、866个z截面采集。数据量为93 GB。使用ZEN成像软件和arivis Vision4D®在ACQUIFER HIVE数据平台上处理数据。

使用CLARITY方法对PV-tdtomato鼠脑进行透明化处理，并使用EasyIndex以1.46的折射率进行最终成像。

tdtomato-小清蛋白受Parvalbumin-Cre 控制，表达在大脑的中间神经元和小脑的浦肯野细胞中。脑部数据集使用5× / 0.16 foc成像物镜在蔡司Lightsheet 7上获取。图像体积为11 × 20 × 8.8 mm，像素分辨率为0.91 × 0.91 × 5.35 μm（12028 × 22149 × 1621体素）。以6×10拼图、1621个z截面采集。数据量为1.2 TB（拼接后为805 GB）。使用ZEN成像软件和arivis Vision4D®在ACQUIFER HIVE数据平台上处理数据。

样品由美国剑桥市哈佛大学的E. Diel和D. Richardson提供。